La storia del Santa Croce ha inizio nel 1861, anno in cui il Convento di Carmelitani divenne una scuola per l’infanzia con il nome di “Asili Infantili”. Fu così che Perugia ebbe la sua prima forma di istituzione per i piccoli bambini della città. Nel 1871 divenne Ente Morale.
Letterati, pedagogisti, regnanti, rappresentanti politici ed ecclesiastici si sono recati a visitarla: dalle sorelle Agazzi a Vittorio Emanuele di Savoia, alla Regina Margherita, da Maria Montessori a Mario Montessori.
L’Ente che ospita la Scuola, costituito ed aperto da un nutrito gruppo di cittadini filantropi, ha sempre avuto come fine educativo lo sviluppo armonico della personalità infantile ed è sempre stato pronto ad accogliere i suggerimenti dettati dalla moderna pedagogia. Per questo motivo hanno qui trovato applicazione il Metodo Aporti, il Fròbel, l’Agazzi ed infine il Metodo Montessori. Quest’ultimo fu introdotto fin dal 1909 (solo due anni dopo le primissime esperienze di San Lorenzo a Roma), anno in cui Maria Montessori tenne a Villa Montesca presso Città di Castello il suo primo corso e vi scrisse e pubblicò la sua prima opera: “il Metodo della Pedagogia Scientifica”. In quella stessa occasione venne a far visita a questa “nobile istituzione” accompagnata dai Baroni Alice e Leopoldo Franchetti.
Maria Montessori fu nuovamente a Perugia nel 1949 per consituire il Centro Studi Pedagogici presso l’Università per Stranieri che diresse fino al 1952. In quella occasione realizzò al Santa Croce il primo teatro scientifico della pedagogia esistente al mondo, oggi “Aula Sperimentale Maria Montessori”.
In questa aula Maria Antonietta Paolini, allieva e stretta collaboratrice di Maria Montessori, ha proseguito la formazione nazionale ed internazionale degli insegnanti per oltre 40 anni, facendo del Santa Croce un punto di riferimento della divulgazione del Metodo nella nostra città e nel mondo.
Oggi il Santa Croce, grazie alla ricostituzione del Centro Internazionale Studi Pedagogici Maria Montessori, si è ricollocato come punto di riferimento nel panorama montessoriano internazionale.